作物殘茬在微生物的作用下，在降解過程中可能會產(chǎn)生一些對同一種或同一科作物生長發(fā)育不利的物質，或因作物殘體的病原菌積累等原因從而成為作物連作障礙中的一個重要因子。
③作物根系分泌物與連作障礙
根系分泌物是植物在生長過程中通過根的不同部位向生長基質（如土壤、營養(yǎng)液等）釋放的一組種類繁多的物質。從黃瓜的根分泌物中分離出11種酚類物質，其中有10種酚類物質具有生物毒性。
比如當黃瓜連續(xù)種植時，根系釋放的酚類物質積累到一定程度時，就會抑制下茬作物的生長。
由此推之作物營養(yǎng)不均衡（營養(yǎng)虧缺）對連作障礙有其直接作用的方面，亦可能是由于營養(yǎng)元素虧缺的脅迫作用使根系分泌物種類和數(shù)量產(chǎn)生變化的間接作用方面。
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