《中華人民共和國土地管理法》、《基本農(nóng)田保護(hù)條例》和國土資源部制定的有關(guān)規(guī)章對基本農(nóng)田保護(hù)制度做了規(guī)定。這些制度概括起來主要有以下幾個方面：
(1)基本農(nóng)田保護(hù)規(guī)劃制度。各級人民政府在編制土地利用總體規(guī)劃時，應(yīng)當(dāng)將基本農(nóng)田保護(hù)作為規(guī)劃的一項內(nèi)容，明確基本農(nóng)田保護(hù)的布局安排、數(shù)量指標(biāo)和質(zhì)量要求。
(2)基本農(nóng)田保護(hù)區(qū)制度?？h級和鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）土地利用總體規(guī)劃應(yīng)當(dāng)確定基本農(nóng)田保護(hù)區(qū)，保護(hù)區(qū)以鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）為單位劃區(qū)定界，由縣級人民政府設(shè)立保護(hù)標(biāo)志，予以公告。
(3)占用基本農(nóng)田審批制度?；巨r(nóng)田保護(hù)區(qū)經(jīng)依法劃定后，任何單位和個人不得改變或者占用。國家能源、交通、水利、軍事設(shè)施等重點建設(shè)項目選址確實無法避開需要占用基本農(nóng)田，涉及農(nóng)用地轉(zhuǎn)用或者征用土地的，必須經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)。嚴(yán)禁通過調(diào)整各級土地利用總體規(guī)劃變相占用基本農(nóng)田。
(4)基本農(nóng)田占補平衡制度。建設(shè)占用多少耕地，各地人民政府就應(yīng)補充劃入多少數(shù)量和質(zhì)量相當(dāng)?shù)母氐男袨椤?/p>
(5)禁止破壞和閑置、荒蕪基本農(nóng)田制度。禁止任何單位和個人在基本農(nóng)田保護(hù)區(qū)內(nèi)建窯、建房、建墳、挖砂、采石、采礦、取土、堆放固體廢棄物或者進(jìn)行其他破壞基本農(nóng)田的活動。禁止任何單位和個人占用基本農(nóng)田發(fā)展林果業(yè)和挖塘養(yǎng)魚。禁止任何單位和個人閑置、荒蕪基本農(nóng)田。
(6)基本農(nóng)田保護(hù)責(zé)任制度。并作為考核領(lǐng)導(dǎo)干部政績的重要內(nèi)容。
(7)基本農(nóng)田監(jiān)督檢查制度?？h級以上地方人民政府應(yīng)定期組織土地行政主管部門、農(nóng)業(yè)行政主管部門以及其他有關(guān)部門對基本農(nóng)田保護(hù)情況進(jìn)行檢查，發(fā)現(xiàn)問題及時處理或向上級人民政府報告。
(8)基本農(nóng)田地力建設(shè)和環(huán)境保護(hù)制度。地方各級人民政府農(nóng)業(yè)行政主管部門和基本農(nóng)田承包經(jīng)營者，要采取措施，培肥地力，防止基本農(nóng)田污染。
